Bereits 1158 wird der Name "Schortens", der auf einen alten Familiennamen zurückzuführen ist, in Chroniken erwähnt, in denen der Bau der St.-Stephans-Kirche verzeichnet ist. Diese älteste Kirche des Jeverlandes wurde im Jahre 1153 auf dem Geestrücken errichtet, sodas der sich langsam entwickelnde Ort folgende Flutkatastrophen unbeschadet überstehen konnte.

Im Mittelalter war Schortens Sitz der damals weltberühmten Pferdezucht der Oestringer. Aus dieser Zeit stammt auch das Wappen der Gemeinde, welches ähnlich dem niedersächsischem Wappen, ein springendes Pferd enthält. In der weiteren Geschichte der Gemeinde spielten Pferde und ihre Zucht eine bedeutende Rolle. So soll es dem Wunderpferd des Jürgen Schemering auf dem Gut des Klosters Oestringfelde gegeben haben, mit welchem der Eigentümer Anfang des 18. Jahrhunderts durch ganz Europa reiste.

Ab mitte des 19. Jahrhunderts begann in Schortens eine regere Besiedlung, deren Auslöser vor allem die Fertigstellung der Straßenverbindung Oldenburg-Jever im Jahre 1837 und, 35 Jahre später, die Schaffung einer Eisenbahnverbindung Sande - Heidmühle - Jever waren.

Schortens profitierte jedoch vor allem von der Entwicklung Wilhelmshavens zum Ende des 19. Jahrhunderts, nachdem Sand aus Heidmühle den Aufbau Wilhelmshavens förderte.

Bombenangriff auf Schortens zur Zeit des II. Weltkrieges

Seit 1946 setzte eine starke Bevölkerungsentwicklung in Schortens ein. Mehr als 4.000 Heimatvertriebene kamen in das Gemeindegebiet. Der Aufbau der Olympiawerke, im Ortsteil Roffhausen, unmittelbar vor den Toren Wilhelmshavens, trug zusätzlich zur Erhöhung der Einwohnerzahl und damit zur wirtschaftlichen Entwicklung bei. Bestand die Einwohnerzahl Schortens 1948 aus etwa 8100 Bürgern, so stieg deren Anzahl bis 1955 auf 9200 und 1960 bereits 10.000 Bewohner. 1972 schlossen sich die Gemeinden Schortens und Sillenstede im Zuge der Gebietsreform zusammen.

In Schortens leben mittlerweile mehr als 21.400 Einwohner auf einem Gebiet von 69 Quadratkilometern in 12 Ortsteilen.

Am 21. Januar 2005 erhielt Schortens die Stadtrechte.

Zum 1. Juni 2005 erhielt die Stadt Schortens vom Minister für Inneres und Sport den Status einer "selbstständigen Gemeinde".